由于連年使用化肥，導致土壤嚴重板結，使化肥利用率越來越低，作物品質和產量很難提高。近幾年生物菌肥逐漸在各地嶄露頭角。對于很多農民來說生物菌肥還是一個新事物，如何才能正確購買和使用它，必須注意以下幾點：
選購生物菌肥時，要注意其是否過了產品有效期，一般超過生產日期1年的生物菌肥活性會顯著降低。再看有無農業部登記證，正規的廠家生產的產品都應該在農業部登記，省農業廳不批準生物菌肥登記。印有***省農肥登記的生物菌肥都是假冒產品。嚴防普通有機肥冒充生物菌肥。另外，還要看包裝袋上標明的活性菌數是否符合國家規定（國家規定生物菌劑有效活菌數≥2億/克,顆粒狀的≥1億/克。復合微生物肥料和生物有機肥有效活菌數≥2000萬/克）。不合格的生物菌肥絕不購買。
生物菌肥可以單獨使用。但最好是與經過充分腐熟的有機肥混合使用，其效果要遠好于單獨施用有機肥或生物菌肥。生物菌肥不宜與化肥直接混合使用，高濃度的化學物質對生物菌肥里的微生物有毒害作用，尤其要注意不應將菌肥與含硫的化肥及草灰混合用，因為這樣的肥料更容易殺死菌肥里的有益菌。
在對溫室大棚里的土壤或蔬菜育苗用營養土消毒后，至少要經過10-15天，才可以施用生物菌肥，切記不可施用生物菌肥后再實行土壤消毒。不應同時施用菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑。一般在施菌肥48小時后再用殺菌劑，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。
生物菌肥的使用效果和土壤狀況有關。土壤太旱或太濕都不利于生物菌肥繁殖，適宜的土壤濕度為60%左右。如果在水田使用，最好于清晨或傍晚采用噴施的方法。
生物菌肥對陽光中的紫外線十分敏感。存放或使用時盡量避免強光直接照射，因此生產上一般不采用地表撒施，可以在陰天或清晨、傍晚與土壤中施用。噴霧時只要在植物的葉片背面均勻噴布即可。
生物菌肥施入土壤后有一個菌群繁殖，壯大的過程。因此，要先于作物肥期10-15天施用，此后生物菌肥可以長期、均勻、持續地供給作物養分。
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